第二版臺灣植物誌的修訂，是行政院國家科學委員會於 1984 年，委託黃增泉主持規劃《台灣植物誌》事宜。作者以國內學者為主，並集合美、日、荷蘭、澳洲、新加坡、中國等地共約百位學者共同參與，歷經近十二年完成，計六卷，屬英文版，於1993－2003年間分別出版。內容共收錄 4,339 種植物之學名、形態描述、檢索、引證標本、分佈地區、相關文獻、插圖照片，總名錄及索引等。其中有 4,077 種原產於臺灣，1,067 種為臺灣特有，未見於世界其他地方，262 種為歸化或重要外來植物。另外對於台灣植物之組成、特有性及其親緣關係有詳細之說明。「台灣植物誌第二版」於2004年榮獲國際植物分類學會 (International Association for Plant Taxonomy, IAPT) 頒發「恩格勒銀質獎章」 (Engler Silver Medal)。
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